Kerstin Anja Thieme wurde bei der Geburt am 23. Juni 1909 im erzgebirgischen Niederschlema das männliche Geschlecht zugewiesen. Kerstins Vater war Papierfabrikant und im bildungsbürgerlichen Hause Thieme waren alle wirtschaftlichen Mittel für eine gute musikalische Früherziehung vorhanden.
Kerstin Thieme studierte nach dem Abitur in Aue ab 1929 zugleich Schulmusik und Komposition in Leipzig. Ihr Kompositionslehrer an der dortigen Musikhochschule Leipzig war der österreichische Komponist, Musiktheoretiker und Reger-Schüler Hermann Grabner (1886–1969), der sich schon 1928 – also aus völlig freien Stücken, ohne Not – dem »Antisemitischen Kampfbund für deutsche Kultur« angeschlossen hatte und später im Beirat der Reichsmusikkammer seine völkische, absolut karrieristische und kritikfreie »Arbeit« verrichtete. Eine nationalsozialistische Musiker-Laufbahn, die 1950 zu einer kleinlauten Entnazifierung führte.

